Le territoire du département de Kagoshima est composé, d’une part, de la partie méridionale de la grande île de Kyūshū comprenant les presqu’îles de Satsuma et d’Osumi – ce qu’on appelle la « métropole » (hondo)du département – et, d’autre part, d’une multitude d’îles, soit entourant Kyūshū, soit s’étirant de proche en proche sur l’océan dans la direction du sud-ouest. L’ensemble couvre une superficie totale de 9 132,42 km² (2022).

Dans la partie « métropole », les sols sont de composition très particulière. Ils sont en effet constitués généralement de plateaux de roches pyroclastiques (shirasu) issus des éruptions des volcans Aira et Ata en activité entre – 40 mille ans et – 20 mille ans, ou d’autres scories volcaniques éjectés par la suite. Les monts Kirishima, le *Sakurajima, les *îles volcaniques Iō-jimaet Suwanose-jima, etc., les volcans encore en activité sont nombreux dans le département, qui compte parmi les zones les plus volcaniques de l’archipel japonais.

Par ailleurs, ce territoire s’étend sur près de 600 km du nord au sud, entre le 27,1^o N et le 32,18^o N. Il compte des sommets élevés comme le mont Miyanoura sur l’île Tanegashima (alt. 1935 m), le plus haut de Kyūshū. De ce fait, différents types de zone climatique (tempérée, humide et tropicale) s’y croisent, abritant une *faune et une *flore d’une grande diversité. 

Volcan Sakurajima et île volcanique Iō-jima 桜島・硫黄島

Symbole du département de Kagoshima, le volcan Sakurajima s’élève au milieu de la baie de Kinkō. Il a été relié à la presqu’île d’Ōsumi par une coulée de lave qui s’est produite lors de la plus importante éruption en date survenue en 1914. Aux ères Bunmei (1469-1487), An.ei (1772-1781) et Shōwa (1926-1989), d’autres coulées de lave massives ont marqué les mémoires. Depuis 1955, le volcan poursuit son activité de façon intermittente, à son sommet ou sur ses flancs.

  L’île volcanique d’Iō-jima, située au sud de la presqu’île de Satsuma, se trouve quant à elle sur le bord de la caldeira de Kikai.

Les grues et leur zone migratoire (espèces remarquables protégées) ツルおよびその渡来地（特別天然記念物） 

En provenance de régions sibériennes où elles se reproduisent, les grues viennent hiverner dans le nord-ouest du département. Le spécimen le plus présent est la grue moine (Grus monacha, jap. nabezuru). Vient ensuite la grue à cou blanc (Antigone vipio, jap. manazuru). S’y mêlent plus rarement des grues cendrées (Grus grus, jap. kurozuru) et des grues du Japon (Grus japonensis, jap. tanchōzuru). Leur zone migratoire dans le département couvre un vaste espace autour d’Arasaki, qui va de la ville d’Izumi aux petites communes de Takaono et de Noda. Plus de huit mille spécimens de grues – leur nombre croit chaque année – viennent hiverner dans ce sanctuaire unique au monde. 

Geai d’Amami (espèce protégée)  ルリカケス（天然記念物）

L’oiseau symbole du département est le geai d’Amami (Garrulus lidthi, jap.rurikakesu). Il vit sur l’île principale d’Amami et sur celle voisine de Tokunoshima. Mesurant approximativement la même taille que le geai commun de la métropole, son beau plumage parsemé de bleu lapis lazuli sur la tête, les ailes et la queue, qui contraste avec le brun-roux du reste des plumes et avec un bec d’un blanc immaculé, lui vaut d’être très apprécié. Son habitat principal est la forêt sempervirente primaire, formée d’essences de Castanopsis (jap. shii), de Machilus thunbergii (jap. tabunoki) et de Cyclobalanopsis (jap. kashi). On peut parfois l’observer à proximité des habitations. 

Lièvre noir d’Amami (espèce remarquable protégée) アマミノクロウサギ（特別天然記念物）

Vivant uniquement sur l’île principale d’Amami et sur celle voisine de Tokunoshima, cet animal de petite taille, plus petit que le lièvre commun et le lapin d’élevage, a une robe couleur châtaigne et de courtes oreilles de 4-5 cm. Son comportement diurne reste encore mal connu. Son apparition sur terre remonterait à l’époque Éocène du Paléogène, il y a environ 50 millions d’années. Véritable fossile vivant, son squelette et sa dentition se rapprochent de ceux des plus anciens fossiles de lapins connus. Il a été découvert en 1896 par l’Américain William H. Furness III (1866-1920).

Forêt de bananiers de Balbis リュウキュウバショウの群落 

Ce groupe de bananiers de Balbis (Musa balbisianavar. liukiuensis, jap. ryūkyū bashō ou ito bashō)pousse sur l’île principale d’Amami à Akina dans la commune de Tatsugō. Ces bananiers étaient cultivés autrefois pour leur fibre employée dans la fabrication de tissus de bananier et de filets de pêche. Ils sont depuis retournés à l’état sauvage.

Plantes yakkoヤッコソウ

Ces Mistratemonaceae (jap. yakkosō)sont des plantes parasitaires à fleur, extrêmement rares, qui poussent au creux des racines de Castanopsis (jap. shii). Hautes d’à peine 7 cm, elles forment six à sept feuilles écailleuses le long de leur courte tige, et donnent une unique fleur blanche. Le naturaliste japonais Makino Tomitarō (1962-1957) les a baptisées « plantes yakko » car leur apparence lui rappelait les serviteurs porte-faix de l’époque d’Edo (yakko). La zone où elles se développent, à Yuda dans le canton de Higashi-Ichiki (actuelle ville de Hioki), a été classée site naturel protégé national  en 1922.

Aspect de la flore tropicale asiatique au cap Sata 佐多岬の亜熱帯植物相

Le cap Sata, situé à l’extrémité de la presqu’île de Satsuma, abrite une végétation typique de la flore tropicale asiatique du département. La canopée est composée principalement des essences suivantes : Castanopsis sieboldii (jap. itajii), Machilus thunbergii (jap. tabunoki), Elaeocarpus sylvestris (jap. horutonoki), Ardisia sieboldii (jap. mokutachibana), et Ficus superba var. japonica (jap. akō). Parmi les arbustes se trouvent des cinnamomes sauvages(jap. yabunikkei), des Smilacacéesde Satsuma (Smilax bracteata, jap. satsumasankirai), et des palmiers Livistona chinensis (jap. birō). La végétation du sous-bois est elle aussi caractéristique, avec des Alpinia intermedia (jap. aonokumatakeran), Leptochilus neopothifolius (jap. ooiwahitode),et Alocasia odora (jap. kuwabisuimo). Les alangiers Alangium premnifolium (jap. shimaurinoki) et les lianes Erycibe henryi(jap. horutokazura) ne sont observables qu’à cet endroit dans la partie « métropole » du département. 

Grotte de Shōryūdō et corail Acropora 昇竜洞とミドリイシ

D es massifs coralliens se sont formés autour des îles tropicales du département – avec comme limite septentrionale l’île de Kodakara-jima au sud de l’archipel des Tokara. Ils abritent des spécimens de coraux comme les Acropora (jap. midoriishi), les Goniopora (jap. hanagasasango) et les Merulina(jap. sazanamisango). 

Sur l’île d’Okinoerabu, le temps a creusé des grottes calcaires au sein même de ces massifs coralliens. On peut observer des formations particulièrement spectaculaires de stalactites, stalagmites, colonnes, voiles, etc., dans la grotte de Shōryūdō (site naturel protégé départemental), qui s’étend sur plus de 1 500 mètres de long. C’est une des grottes calcaires les plus célèbres du Japon après celle de Shūhōdō dans le département de Yamaguchi.